Un grupo de buenos, empeñados en hacer que la galaxia de los videojuegos esté libre de maldad, atrapan a todos los villanos de los videojuegos en patrones de imágenes y depende de los hermanos Boppin salvarlos haciendo coincidir todas las imágenes y destruyendo los bloques.
En este juego tienes que tomar el control del Doctor y tratar de encontrar la llave del tiempo. La historia consiste en recoger las 6 piezas de la llave del tiempo que deja caer uno de los muchos adversarios que encuentras en cada nivel.
El doctor sólo tiene un arma a su disposición, su fiel destornillador sónico, que congela a todos los enemigos del nivel durante unos segundos. El doctor puede engañar a los monstruos para que colisionen entre sí mientras intentan atacarle. Su búsqueda también se ve obstaculizada por el maestro, que aparece aleatoriamente a lo largo del juego y roba las piezas de la llave del tiempo, al mismo tiempo que te mata. Por suerte tienes 7 vidas y cada vez que mueres te regeneras en una encarnación diferente y tienes compañeros que te ayudan y que son controlados por el jugador 2.
